Trước đây, Minh Ngọc là một xã thuộc huyện Vị Xuyên.

Ngày 18 tháng 11 năm 1983, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 136-HĐBT[4] về việc thành lập huyện Bắc Mê trên cơ sở tách xã Minh Ngọc của huyện Vị Xuyên.

Ngày 13 tháng 2 năm 1987, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 28-HĐBT[1] về việc tách 3 xóm Bách Sơn, Khuổi Nâng và Tả Luông của xã Minh Ngọc để sáp nhập vào xã Thượng Tân.

Xã Minh Ngọc có 8.391 hécta đất với 2.085 nhân khẩu.